So wie wir den Koi ein besonderes Milieu anbieten, so sollten wir auch den wertvollen Filterbakterien eine Umgebung schaffen, in der sie effektiv arbeiten können.
Das von den Koi über das Futter aufgenommene Eiweiß wird in Teilen nach der Verstoffwechselung durch den Koi über die Kiemen wieder als Ammonium ans Wasser abgegeben. Dieses Ammonium wiederum stellt die Lebensgrundlage oder besser gesagt Nahrung für bestimmte Gattungen von nitrifizierenden Bakterien dar. Diese wiederum oxidieren dieses Ammonium zu Nitrit, das wieder von anderen Bakterien zu recht unschädlichem Nitrat weiterverarbeitet wird. Die Werte von Ammonium und fischgiftigem Nitrit sind im System aber nur dann gut bis sehr gut, wenn die Bakterien effektiv arbeiten und das anfallende Ammonium und Nitrit möglichst schnell abbauen können. Dazu braucht es wie für die Koi möglichst stabile Wasserparameter und vor allem eine Temperatur über 20°C. Auch arbeiten nitrifizierende Bakterien besonders effektiv in einem pH-Bereich zwischen pH 6 und pH 8. Wer also permanent einen pH-Wert bei 8,5 hat, der braucht sich eventuell nicht wundern, wenn die Wasserwerte nicht effektiv sind. Und ganz wichtig: Nitrifizierende Bakterien sind empfindlich gegen UVC Licht. Wer also seinen Filter nicht abgedunkelt hat, der braucht sich womöglich nicht wundern, wenn zumindest auf dem Teil des lichtdurchfluteten Filtermaterial keine Nitrifikation stattfindet.