Auch wenn ein gut arbeitender mechanischer Filter sicher den meisten Dreck aus dem Koiteich entfernt, wird es von Zeit zu Zeit trotzdem notwendig werden, auch den biologischen Filter zu reinigen.
Ist der biologische Filter verschmutzt, wird die Abbauleistung der Filterbakterien beeinträchtigt. In der Folge können sich vor allem die Wasserparameter Ammonium und Nitrit verschlechtern. Ziel der Reinigung des biologischen Filters ist es den groben Schmutz zu entfernen, zeitgleich aber die nitrifizierenden Bakterien möglichst zu erhalten. Man sollte den biologischen Filter daher nicht bis zur optischen Sauberkeit reinigen. Ist der biologische Filter nach der Reinigung nämlich optisch sauber, ist dann auch ein Großteil der Filterbakterien nicht mehr vorhanden. Wie aber sollte eine solche Reinigung am besten erfolgen? Man sollte immer einen eher schwachen Wasserstrahl für die Reinigung verwenden, um den Bakterienrasen auf der Oberfläche nicht zu entfernen. Es sollte immer das Teichwasser verwendet werden, mit dem die Bakterien in Kontakt waren. Würde man Leitungswasser verwenden, könnte die unterschiedliche chemische Zusammensetzung und Temperatur den Bakterien möglicherweise schaden.